Page 104 - Faaliyet Raporu 2022

Structure, 2023). Bu bağlamda uluslararası Protein Data Bank veritabanına bir yeni yapı (PDB ID: 8AAG, https://www.rcsb.org/structure/8AAG) ve uluslararası Electron Microscopy Data Bank veritabanına 12 yeni elektron yoğunluğu haritası katkılarında bulunulmuştur (EMD-15232, EMD- 15143, EMD-15144, EMD-15146, EMD-15147, EMD-15156, EMD-15168, EMD-15169, EMD- 15170, EMD-15171, EMD-15172, EMD-15173). CENP-A proteini hakkında elde edilen buluşlar iki ayrı makale olarak yazım aşamasındadır.
Hastalık Ve Normal Koşullar Altında Bağlayıcı Histon H1-Aracılıklı Kromatin Katlanma Mekanizması (Yürütücü: Dimitar Angelov, TÜBİTAK Ref #122Z215, 2022-2024): Kromatinin yapı taşı nükleozom adı verilen disk şeklindeki küçük makaralardır. Ancak kromatinin üç boyutlu ve kapalı fiber yapısını oluşturabilmesi için bu makaraların birbirleriyle olan bağları yeterli değildir. Birçok canlıda bu süreç H1 adıyla anılan bağlayıcı histonlar aracılığıyla olmaktadır. Bağlayıcı histonların insanda görülen 11 isoformundan H1.4 adlı olan türünde yeni keşfedilen bir grup mutasyon yakın zamanda Rahman sendromu olarak adlandırılmıştır. Nadir hastalık tanımına giren Rahman sendromu hastalarında zeka ve gelişme gerilikleri ve birtakım fizyolojik anomaliler tespit edilmektedir. Kale Lab yüksek performanslı hesaplama araçları kullanarak genotipi bilinen edilmiş olan iki hastadaki bağlayıcı piston H1.4’un yapısal ve dinamik özelliklerini karakterize etmiştir. Elde edilen sonuçlar hastalığın DNA’nın katlanma problemi boyutunu ortaya koymuştur.
Epigenetik enzimlerin ilaç benzeri küçük organik moleküllerle deaktive edilmesi: İBG’den Pavlopoulou Lab’la ortak yürütülen bu
çalışmada kanser, DNA onarımı ve yaşlanma süreçlerinde kritik rol oynayan bir enzimin aktivitesinin organik bir molekül aracılığıyla düşürülebileceği ortaya konmuştur. Kale Lab allosterik bir mekanizma içeren bu süreci karakterize etmiştir. Bu bağlamda bir makale yazım aşamasındadır.
Öncü gen ifadesi faktörlerinin kromatinle etkileşimlerinin fiziksel boyutları: Hücrelerin yeniden programlanması öncü gen ifadesi faktörlerinin kromatinin bağlanmaya kapalı (uyuyan) bölgelerini aktive edip okunmaya açmasıyla başlar. Bu faktörlerden Sox ailesi proteinlerinin DNA’ya bağlanıp onu ciddi boyutlarda deforme edebildikleri bilinmektedir. Ancak bu bağlanma biçimi kromatinin yapıtaşı olan nükleozomun şekli ve stabilitesiyle örtüşmemektedir. Bu çalışmada, bu sürecin fiziksel boyutları klasik analitik modellerle ve hızlandırılmış moleküler simulasyonlarla araştırılmış ve karakterize edilmiştir. Bu bağlamda bir makale hakem sürecindedir.
Kanser Tedavisi İçin VEGF’e Bağlanan Yeni Nesil Rekombinant Antikor Parçacıklarının Geliştirilmesi (Yürütücü: Sibel Kalyoncu, TÜBİTAK Ref: #119Z161, sonuçlandı): Antikor mühendisliğinin karşılaştığı en büyük güçlüklerden biri antikorun antijene bağlanma gücünü arttırırken stabilizesini koruyabilmektir. Bu amaçla yürütülen akademik ve özel çabalar büyük oranda antikorun çoklukla değişen bölgelerine yoğunlaşmaktadır. Oysa az değiştiği bilinen sayılı bazı amino asitlerin antikorun yapısı ve fonksiyonunda ciddi rolleri olduğuna dair deliller bulunmaktadır. Bu bağlamda bir makale hakem aşamasında, bir başka makale de yazım aşamasındadır.
Temel ve Translasyonel Araştırmalar Programı 97